1992'de Üniversiteler Kanunu Taslağı hazırlayan Alkış, şiddetle YÖK'ün kaldırılmasını istemiş.
Abone olYeni Şafak Gazetesi'nin haberine göre, Üniversite Öğretim Üyeleri Derneği'nin İstanbul şubesince 1992'de hazırlanan 'Üniversiteler Kanunu Taslağı' YÖK karşıtı ifadeleriyle dikkat çekiyor. Prof. Dr. Ayhan Alkış'ın da imza attığı ve raportör olduğu 'Üniversiteler Kanunu Taslağı"nda, YÖK, Türk toplumunda ve üniversitelerinde büyük kayıplara neden olmakla suçlanıyor. Yükseköğretimde merkeziyetçi ve hiyerarşik yapının egemen olduğu belirtilerek, özgür ve demokratik bir ortamın yaratılması gerektiği savunuluyor. Taslağın genel gerekçesi açıklanırken, 2547 sayılı yükseköğretim kanununun üniversitelerin ihtiyaçlarına hiçbir zaman cevap vermediği kaydediliyor. YÖK mutlaka kalkmalı Taslağın genel gerekçesinin açıklandığı bölümde ise YÖK ile ilgili çok çarpıcı değerlendirmeler sıralanıyor. Öncelikle bütün siyasi partilerin seçim bildirgelerinde yer almasına karşılık YÖK'ün kaldırılmaması ve yetkilerinin Üniversitelerarası Kurul'a devredilememesi sert bir dille eleştiriliyor. Dahası YÖK'ün kaldırılması için gerekli anayasa değişikliği yapılamaması nedeniyle, hazırlanan kanun taslağında YÖK'ü muhafaza etmek zorunda kalındığı belirtiliyor. Ancak bu noktada YÖK'ün kaldırılması gerektiği de, 'Anayasa'da gerekli değişiklik yapılıncaya kadar geçerli olmak kaydıyla YÖK muhafaza edildi" ifadesiyle destekleniyor. Bakan Çelik gibi düşünmüşler Alkış ve Bakan Çelik'in taslakları arasındaki benzerlik Üniversitelerarası Kurul içinde oluşturulan kurullarda da gözleniyor. Taslakta ÜAK'nın görev ve yetkilerinin artışıyla bağlantılı olarak, "Değerlendirme ve Yürütme Kurulu" ile "Bilimlerarası Kurul" gibi yardımcı kurulların oluşturulması öngörülüyor. Aynı düşünce Bakan Çelik'in hazırladığı yasa taslağında ise "Üniversitelerarası Kurul Yürütme Kurulu" ve 'Bilim Etik Kurulu" adlarıyla yer buluyor. YÖK üniversitelere müdahale ediyor Alkış'ın taslağıyla, Bakan Çelik'in taslağı arasında, YÖK'ün görev ve yetkilerinin kısıtlanması gibi büyük benzerlikler bulunuyor. Alkış'ın taslağında da YÖK; planlama, yükseköğretim kurumları arasında koordinasyonu sağlama, Üniversitelerarası Kurul ile MEB arasında iletişim kurma yetkileriyle sınırlandırılıyor: "YÖK'ün geçmişte yoğun itiraz ve şikayetlere konu olan üniversitelerin yönetimine müdahale niteliği taşıyan kararlar alma yetkisi tümüyle ortadan kaldırılmaya çalışılmıştır."