Bizans Dönemi yapısı Küçükayasofya Camii, İstanbul Büyükşehir Belediyesi Fen İşleri Dairesi Başkanlığı’na bağlı Yapı İşleri Müdürlüğü’nce restore ediliyor.
Abone olGüney duvarına koşut olarak geçen demiryolu ve 17 Ağustos 1999 Marmara Depremi ile, kubbesi ve beden duvarlarında strüktürel bozulmalar ve derin çatlaklar oluşan Küçükayasofya Camii’nde bu acil sorunların giderilmesi ve yapının geleceğe güçlü olarak taşınabilmesi için restorasyon çalışmaları sürüyor. Yapılan açıklamaya göre, uzun süredir devam eden çalışmalar sırasında caminin 600 mini kazıkla temel takviyesi yapıldı. Her iki mini kazığın arasına da birer adet (toplam 590 adet) enjeksiyon yapılarak zemin güçlendirildi. Restorasyonda çeliğin üç katı dayanıklılığa sahip, çürümeyen, özelliğini yitirmeyen karbon çubuklar kullanıldığı belirtilen açıklamada, 3 adet (20 metreye kadar) sondaj kuyusu, 6 adet de (4 metreyekadar) araştırma çukuru açıldı. Yapılacak onarımlar esnasında yapıyı dış etkenlerden korumak için de Uzay Çatı denen bir yapı inşa edildi. Uluslararası Mimari Miras Strüktürü Analiz ve Restorasyon Komitesi (ISCARSAH) üyelerinin 2001 yılındaki ortak kararıyla başlanan restorasyon, İstanbul Arkeoloji Müzeleri denetiminde yapılan araştırma kazılarında çıkan arkeolojik buluntulara göre zemin takviye projesi de revize edildi.