Abdullah Gül'ün başbakanlığı döneminde, başbakanlık personelinin, Milli İstihbarat Teşkilatı ile ilgili yazışmaları basına sızdırdığı iddia edildi.
Abone olMİT Müsteşarı Şenkal Atasagun, Gül'ün başbakanlığı döneminde, Başbakanlık'a bir yazı göndererek, güvenlik soruşturmalarıyla ilgili bilgilerin yetkisiz kişilere, hatta soruşturulan isimlere verildiğini bildirdi. Atasagun, bu yazıdan bir süre sonra, Gül'ün Kültür Bakanlığı Müsteşarlığı için düşündüğü Mustafa İsen hakkında 29 Kasım 2002'de olumsuz rapor verdi. Gül, 4 Aralık 2002'de MİT'e yazı göndererek, ''soyut duyumlardan elde edilen istihbari bilgilerin gönderilmemesi, yalnız adli makamlara intikal eden eylemlerin yazılı olarak bildirilmesini'' istedi. Gül, süren soruşturmalar için Başbakanlık Müsteşarı'na ''şifahi bilgi'' verilmesi gerektiğini belirtti. MİT'le Başbakanlık arasındaki bu yazışmalardan biri basına sızdı. Bunun üzerine Gül'ün talimatıyla Başbakanlık Teftiş Kurulu soruşturma başlattı. Soruşturma sırasında Başbakanlık Kanunlar Kararlar Genel Müdürlüğü personelinin ifadesi alındı. Teftiş Kurulu'nun tamamladığı soruşturma raporu, Başbakan Recep Tayyip Erdoğan'ın onayıyla Ankara Başsavcılığı'na gönderildi.