İlhan Bardakçı'nın, Hürriyet Gazetesi'nde yazan tarihçi oğlu Murat Bardakçı ise cenaze törenine katılmadı.
Abone olCenaze namazına, İlhan Bardakçı'nın eşi Tülay Bardakçı, Şevket Bülent Yahnici, sanatçı Esad Kabaklı, Ramiz Ongun'un yanısıra vatandaşlar katıldı. Oğlu Murat Bardakçı'nın bulunmadığı cenaze namazında Tülay Bardakçı, erkeklerden ayrı saf tuttu. Türkiye'nin büyük bir tarihçi kaybettiğini belirten eşi Tülay Bardakçı, "Çok büyük vatanseverdir. Vatanına hasret gitti. 14 sene karşısındaki Türk bayrağına ve Ayetel Kürsi'ye bakarak yazısını yazdı. Hiçbir zaman kimseyi şikayet etmedi. 400'e yakın konferans verdi. Her söze devlete küsülmez diye başladı." dedi. Ramiz Ongun ise İlhan Bardakçı'ya ve onun gibi insanların talihine üzüldüğünü kaydederek, "Her vatansever ve düşünen insan eğer böyle olacaksa yazık bu milletin talihine." diye konuştu. Sanatçı Esad Kabaklı da, şu görüşleri ifade etti: "Değerli büyük bir hocamızı yurt dışında kaybetmemizin acısı çok büyük. Yurda dönüp gelmemesi çok kötü. İsterdik ki ömrünün son günlerini burada geçirsin. Ok gibi doğru olduğun zaman hedefine varıyorsun. O hedefine varanlardandı. Allah rahmet etsin." İlhan Bardakçı'nın naaşı daha sonra öğle namazını müteakiben kılınan cenaze namazından sonra Cebeci Asri Mezarlığı'nda toprağa verildi. İlhan Bardakçı, 1985 yılında bazı bilgi ve belgeleri Irak ve Libya'ya sızdırdığı iddiasıyla 15 yıl hapis cezasına çarptırılmıştı. 8 Mayıs 1986 tarihinde Askeri Yargıtay Daireler Kurulu, mahkûmiyet kararını bozdu; ancak sürgün hayatı devam etti. Türkiye'ye girişi yasaklandığı için 1985 yılından beri Almanya'da yaşıyordu. Bir süredir diyaliz tedavisi gören İlhan Bardakçı,böbrek yetmezliği sebebiyle geçtiğimiz cuma günü hayatını kaybetmişti.