ODTÜ'nün genetikçileri ABD'yi salladı

ODTÜ'nün genetik mühendisler takımı, kimyasal sinyallere insan hücresi gibi tepkiler verebilen "canlı makineler" yapmaya olanak tanıyan "Mining for BioBricks" isimli yazılımlarıyla, ABD'de MIT'nin düzenlediği uluslararası proje yarışmasında, dünya ikincisi oldu.

DÜNYA İKİNCİSİ OLDULAR

AA muhabirine bilgi veren ODTÜ Enformatik Enstitüsü Öğretim Üyesi Yrd. Doç. Dr. Yeşim Aydın Son, sentetik biyoloji alanının, ABD Devlet Başkanı Barack Obama'nın da gelecek vadeden 10 önemli bilimsel araştırma alanından biri olarak işaret ettiğini belirterek, bilim üssü olarak kabul edilen MIT'nin de bu alanda 2003 yılından bu yana International Genetically Engineered Machines (iGEM) adıyla uluslararası bir yarışma düzenlediğini anlattı.

Yrd. Doç. Dr. Son, yarışmanın ana amacını, standardize edilmiş sentetik DNA parçalarını kullanarak biyolojik sistemlerin tasarlanması ve tasarlanan fonksiyonel sentetik elementlerin hücre içine aktarılarak işletilmesi olarak özetledi. Yarışmaya katılacak tüm ekiplerin bu yazılımı kullanarak canlı makineler geliştirdiklerini bildiren Son, ODTÜ Enformatik Enstitüsü tarafından internet üzerinden sunulan bir program olarak geliştirilen “Mining for BioBricks” programının, sentetik biyolojistlerin moleküler makineleri genetik olarak tasarlamalarını hızlandıracağını belirtti.

170 TAKIM ARASINDAN SEÇİLDİLER

“Mining for BioBricks” sayesinde sentetik biyologların iGEM tarafından sağlanan DNA yapılarının bilgilerine ulaşılan veritabanını tarayarak, tasarlamak istedikleri moleküler makineler için gereken DNA parçalarına ulaşıp, en uygun hangi kombinasyonda düzenlemeleri gerektiğini değerlendirebileceklerini anlatan Son, gelecek yılki iGEM yarışmasına katılacak takımların bu projeden çok faydalanacaklarını vurguladı. Son, sentetik biyoloji ve canlı makineler üzerine şu bilgileri verdi: 

CANLI MAKİNENER MÜMKÜN

“Canlı makineler, insan hücresi gibi kimyasal sinyallere renk, ışık ve koku gibi bir takım tepkiler verebiliyor. Canlı makineler, gelecekte sulardaki parazitlerin biyobelirteçler aracılığıyla tanınmasından tarım alanında hangi bölgenin hangi tür gübreye ve bakıma ihtiyacının bulunduğunu bulmaya kadar pek çok alanda kullanılabilir hale gelecek. Bu örnekler, geçmiş yıllardaki yarışmalarda da karşımıza çıktı. Bu tepkilerin verilebilmesi için çok iyi alt yapısı olan yazılım teknolojilerine ihtiyaç bulunuyor. Bunun için veri madenciliği gerekiyor. Biz de çalışmamızda veri tabanını network mantığı ile organize ettik ve kullanıcıya etki veya tepkiyi verebilecek bütün makineleri yapabilecekleri biyoparçacık parçalarını sunuyoruz. Böylece bu makineler için gerekli taramalar bir ay gibi uzun süreler yerine bir kaç saniye içinde yapılabiliyor.”

ODTÜ takımının liderliğini ODTÜ Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı Öğretim Üyesi Doç. Dr. Tolga Can ile birlikte yürüttüklerini ifade eden Son, bu yılki yarışmaya tüm kategorilerde 170 takımın katıldığını bildirdi. Yarışmanın finalinde ise 65 takımın yer aldığını, 15 yazılım takımının katıldığı Dünya Şampiyonasında yazılım kategorisinde 4 takımın yarışmaya hak kazandığını bildiren Son, ODTÜ ekibinin geliştirdiği yazılımın şampiyonada “en iyi veri tabanı kullanımı” özel ödülünü aldığını; ayrıca ekibin çalışmalarının iGEM yazılım takımları arasında dünya ikincisi olduğunu bildirdi.

METU-BIN iGEM Yazılım Takımı, ODTÜ Enformatik Enstitüsü Öğretim Üyesi Yrd. Doç. Dr. Yeşim Aydın Son, ODTÜ Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı Öğretim Üyesi Doç. Dr. Tolga Can önderliğinde Mart 2011'de kuruldu. Takım üyelerinin projesi, Ekim ayında iGEM Avrupa elemelerinde gümüş madalya derecesini almış ve iGEM dünya şampiyonasında yarışmaya hak kazanmıştı.

Dünya Şampiyonası'na katılan takım, Burcu Yaldız, Gökçe Oğuz, Gökhan Ersoy, Güngör Budak, Saygın Karaaslan, Ogün Adebali, Oytun Önal'dan oluştu. METU-BIN takımı, şampiyona için TÜBİTAK, ODTÜ Teknokent A.Ş. ve AKGÜN Yazılım tarafından desteklendi.