Uluslararası Hak İhlalleri Merkezi'nin yayınladığı Rusya dosyasında Çeçenistan'ın 1999 yılında işgal edilmesinin nasıl planlandığı anlatılıyor. Rusya 31 Ağustos 1999'da Moskova, 16 Eylül 1999'da Volgodonsk'ta gerçekleşen ve 293 kişinin öldüğü patlamaları ve Şamil Basayev komutasındaki güçlerin Dağıstan'a girmesini gerekçe göstererek önce Dağıstan'a sonra Çeçenistan'a saldırdı. Ancak kısa süre sonra patlamaların Rus askeri istiharat servisi GRU ile işbirliği içinde olan Rus Güvenlik Servisi FSB tarafından gerçekleştirildiği yönünde bilgiler ortaya çıktı. Bu iki patlamadan sonra 22 Eylül'de Moskova'nın güneyindeki bir apartmanın bodrum katında bomba düzenekleri ile karşılaşılmıştır. Gözaltına alınan şüpheli üç kişininse FSB ajanı olduğu anlaşıldı. Resmi ağızlardan verilen bilgilere göre Rusya Çeçenistan'ı işgal hazırlıklarına Ağustos ve Eylül 1999'da gerçekleşen olaylardan 6 ay kadar önce başlamış. Rus Karşılaştırmalı Politika Enstitüsü üyesi Boris Kagarlitsky olaydan sonra konuyla ilgili olarak şu çarpıcı açıklamayı yapmıştı: "FSB ajanları bombayı yerleştirirken suçüstü yakalanmışlardır. Zanlılar polis tarafından tutuklanmışlar, fakat ellerindeki FSB kimliklerini göstererek kurtulmaya çalışmışlardır" Polis tarafından tutuklanmış olmalarına karşın üç FSB ajanının, ertesi gün gizli servisin girişimleriyle salıverilmiştir. Yapılan açıklamada; 'apartmanın bodrumunda bomba olmadığı, sadece bir eğitim tatbikatı yapıldığı' söylenmiştir. İkinci işgal öncesindeki sürecin başından itibaren uyguladığı şiddet yanlısı politika ile Rus kamuoyunda popülaritesini yükselten Vladimir Putin, Çeçenistan'daki ikinci işgal döneminin de mimarı oldu. Devlet yönetiminin başına geçtikten sonra da Putin, Çeçenistan politikasını "Silahını teslim etmeyen herkes terörist sayılacaktır" sözleriyle açıkladı. Acımasız politikalarına rağmen Putin uluslararası camiada hiçbir tepkiye maruz kalmamış bilakis takdir görmüştür. ABD Başkanı Clinton, Putin'in Rusya'yı kurtardığını söylemiş, dönemin ABD Dışişleri Bakanı Albright, Putin'i 'liberal bir reformcu' olarak tanımlamıştır.