İstanbul Tabip Odası, Prof. Dr. Canan Karatay'ın "Önüne gelen antidepresan yazıyor" sözlerinden sonra Karatay hakkında soruşturma açtı. Karatay'a soruşturma sonucu 882 TL ceza kesildi. Karatay'ın bu ilk cezası değil. 2016 yışında Prof. Dr. Canan Karatay’ın şeker testleriyle ilgili açıklamaları nedeniyle, Türk Jinekoloji ve Obstetrik Derneği’nin şikayeti üzerine Türk Tabipler Birliği tarafından verilen 15 gün meslekten men cezası onaylanmıştı. Türk Jinekoloji ve Obstetrik Derneği, gebelikte şeker yükleme testinin zararlı olduğunu ve çok mecbur kalınmadıkça yaptırılmaması gerektiğini söyleyen Prof. Dr. Canan Karatay hakkında, “uzmanlık dışı bir konuda tıbbi değerlendirme yapmak, bilimsel olmayan açıklamalarla halk sağlığına zarar vermek, açıklamalarla reklam yapmak, tıbbi bir konu ile ilgili ihtilafında kendisi ile farklı düşünen hekimlerle etik olmayan bir biçimde tartışma yöntemi kullandığı” gerekçesiyle 5 Ocak 2015 tarihinde Türk Tabipler Birliğine şikayette bulundu. TTB, Prof. Karatay’ın iç hastalıkları ve Kardiyoloji uzmanı olarak çalıştığını ve şikayete konu yaptığı açıklamalarla hekimlik Meslek Etiği Kurallarını ihlal ettiği gerekçesiyle 06.10.2015 tarihinde 15 gün süreyle geçici olarak meslekten men cezası verdi. Men kararı Karatay’a tebliğ edildi. Bu kez da Karatay, men cezasının kesin ve gerçek olmadığını, kimsenin kendisini meslekten men edemeyeceğini belirterek karara itiraz etti. Karatay ayrıca 2015 yılında TJOD Yönetim Kurulu Başkanı Prof. Dr. Cansun Demir ve üyeleri hakkında men cezası kesinleşmeden derneğin internet sitesinde yayınladıkları ve ceza almış gibi izlenim yarattıkları gerekçesiyle de şikayetçi oldu. Ancak şikayet üzerine başlatılan soruşturma kapsamında, Prof. Cansun Demir ve üyeler hakkında takipsizlik kararı verildi.