3. köprü güzergâhında ‘ilk bakışta’ görünen arkeolojik buluntular şaşırttı. Ancak uluslararası finans kurumlarından kredi bulmak amacıyla hazırlanan ÇED raporunda belirlenen kültür varlıklarından ne İstanbul Arkeoloji Müzesi’nin ne de koruma kurullarının haberi var. Marmaray projesi sırasında Yenikapı’da müze tarafından yapılan arkeolojik kazılarda çok sayıda tarihi eser ortaya çıkmış ve proje 7 yıl uzamıştı. Bu projenin de uzamasından korkulduğu için müze devre dışı bırakıldı. Radikal Gazetesi'nden Ömer Erbil'in haberine göre, 3. köprü ve güzergâhı ÇED raporundan muaf tutuldu. Ancak inşaatı yapan ICA Konsorsiyumu’nun uluslararası finans kurumlarından kredi bulabilmesi için göstermelik de olsa bir ÇED raporuna ihtiyacı var. Uluslararası danışmanlık ve mühendislik firması AECOM tarafından hazırlanan raporun 13’üncü bölümü Arkeoloji ve Kültürel Miras başlığını taşıyor.