17 Aralık 2013'te bir dizi ihbarla başlayan operasyonlar, başlangıçta işadamlarına yönelik gözükse de hemen ardından devletin tepesindeki bakanlara kadar ulaştı. Cumhuriyet savcısı Celal Kara'nın talimatı ile başlatılan operasyonlar, iş adamları, bürokratlar, banka müdürü, çeşitli düzeyde kamu görevlileri ve AK Parti Hükümeti kabine üyesi 4 bakan ile 3 bakan çocuğununa kadar ulaştı. Gözaltına alınan kişiler "rüşvet, görevi kötüye kullanma, ihaleye fesat karıştırma ve kaçakçılık" suçları ile karşılaştı. Operasyonların hemen ardından İçişleri Bakanlığı harekete geçerek savcılığın arama ve gözaltı kararını uygulayan emniyet amir ve memurlarına operasyonda bulundu. Operasyonla ilgili olan amir ve polis memurlarının bir çoğunun görev yerleri değişti veya meslekten ihraç edildi. 29 Ocak 2014'te soruşturma savcısı Celal Kara, 11 Şubat 2014 tarihli HSYK kararnamesi ile de soruşturma iznini veren İstanbul Cumhuriyet Başsavcıvekili Zekeriya Öz'ün aralarında bulunduğu 166 hakim ve savcının görev yeri değiştirildi. Bazı kamu kurumlarına ve savcılığa yapılan rüşvet, görevi kötüye kullanma ve ihalelere fesat karıştırma ihbarı üzerine 13 Eylül 2012, 21 Eylül 2012 ve 14 Şubat 2013 tarihlerinde soruşturmalar başlatıldı. Celal Kara'nın talimatı üzerine, elde edilen bilgiler kapsamında 17 Aralık 2013 tarihinde şüpheliler gözaltına alındı; ev ve işyerlerinde arama yapılarak ele geçirilen çeşitli eşya ve paralara elkonuldu. İlerleyen günlerde soruşturma dosyasıyla ilgili bir takım bilgiler medyaya sızdı. Buna göre İranlı işadamı Rıza Sarraf'ın soruşturmanın kilit ismi olduğu, bürokraside 4 bakan ile geliştirdiği ilişkiler ve rüşvet çarkı sayesinde kara para aklama, altın kaçakçılığı gibi bir takım suçlar işlediği öne sürüldü. Ayrıca soruşturmada 3 bakan çocuğu hakkındaki suçlamaların, "rüşvet almaya ve vermeye aracılık etmek" olduğu iddia edildi. Soruşturma kapsamında gözaltına alınan 71 şüpheliden 24'ü çıkarıldıkları mahkemece tutuklandı, 38'i de adli kontrol şartıyla serbest bırakıldı. Tutuklanan şüpheliler, kamuoyunun "hükümet yargıyı kendine bağladı" yorumları eşliğinde 28 Şubat 2014'te serbest bırakıldı. İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı 18 Aralık 2013 tarihinde, soruşturma dosyasının geniş olduğu ve fazla işyükü gerektirdiği gerekçeleriyle, soruşturmaya ek 2 savcı daha atadı ve savcılar arasındaki herhangi bir ihtilaf durumunda soruşturmaya ilişkin kararların 2'ye 1 çoğunlukla alınması talimatını verdi. Ayrıca, şüpheliler arasında bulunan İçişleri Bakanı Muammer Güler, Ekonomi Bakanı Zafer Çağlayan, Çevre ve Şehircilik Bakanı Erdoğan Bayraktar ve Avrupa Birliği Bakanı Egemen Bağış hakkında cezai kovuşturma yapılabilmesi için hazırlanan fezlekeler, TBMM'ye gönderilmek üzere Adalet Bakanlığı'na sunuldu. Halen devam etmekte olan soruşturmada, 16 Ocak 2014 tarihli HSYK kararı ile, soruşturmayı başlatan Cumhuriyet Savcısı Celal Kara'nın görev yeri değiştirilmiş olduğundan soruşturma, diğer savcılar tarafından yürütülmektedir. Başlatılan soruşturmaya Bakan, bürokrat ve kamuoyunun yakından tanıdığı kişilerin adları karıştığından, özellikle ilk günlerde kamuoyunda ve Türk ekonomisinde deprem etkisi izlendi. Borsada sert düşüşler yaşanırken dolar ve avro yükseldi. Gözaltı görüntülerinin, özellikle de şüphelilerin evlerinde ele geçirilen yüksek miktarlardaki paraların görüntülerinin medyaya sızmasıyla adı geçen Bakanlar ve Hükümet eleştirilerin odağına oturdu. Başbakan Recep Tayyip Erdoğan başlatılan soruşturmayı, hükümeti ve ekonomiyi zor duruma düşürmek amacıyla yapılan bir operasyon olarak nitelendirdi. Özellikle zamanlama üzerinde duran Başbakan, gözaltıların seçime az bir zaman kala yapılmasına dikkat çekti. Ayrıca kısa bir süre önce Gülen hareketi'yle, dershaneler hakkında yapılacak olan düzenleme sebebiyle gerginlik yaşayan hükümet, soruşturmaların bu gerginlikle ilgili olduğunu ve Yargı ile Emniyet'te bulunan Gülen hareketine bağlı personel tarafından, yine Gülen hareketi'nden gelen talimat üzerine bu soruşturmanın başlatıldığını iddia etti. Gözaltıların başlamasından kısa süre sonra da, iddia edilen paralel devlet yapılanmasına önlem gerekçesiyle Emniyet'te, Yargı'da ve TİB, TRT, BDDK gibi bazı kamu kurumlarında birçok personel görevden alındı veya personelin görev yeri değiştirildi. Gülen hareketi adına yapılan açıklamalardaysa hükümetin kendilerini hedef göstermesi eleştirildi. Hükümetin, soruşturma sebebiyle bozulan siyasi gücünü korumaya yönelik bir komplo teorisi çabasında olduğu, soruşturmalarla hiçbir ilgilerinin olmadığı ve şayet iddia edildiği şekilde bir paralel devlet yapılanması varsa, üzerine gidilmesinin gerekli olduğu ifade edildi. AK Parti milletvekilleri İdris Naim Şahin, Erdal Kalkan, Ertuğrul Günay, Hasan Hami Yıldırım ve Haluk Özdalga partisinden istifa etti. Yine AK Parti milletvekilleri Hakan Şükür ve İdris Bal da soruşturma öncesi yaşanan dershane tartışması sırasında istifa etmişti.