YÖK tartışmasında bir süre sessiz kalmayı yeğleyen Alemdaroğlu, konuşmaya Asker'i işin içine katarak başladı.
Abone olMilliyet Gazetesi'nin haberine göre, ODTÜ Rektörü Prof. Dr. Ural Akbulut'un, hükümetin hazırladığı YÖK taslağını, Demokrat Parti döneminde üniversitelere yapılan baskılara benzetmesinin ardından, İstanbul Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Kemal Alemdaroğlu da "ordu-gençlik elele" mesajı verdi. İktidarın, rejimi tehdit eden girişimler içinde bulunduğunu belirterek, 27 Mayıs öncesinin ünlü "ordu-gençlik el ele" sloganına gönderme yapan Alemdaroğlu, "Türkiye'de her zaman ordu ve gençlik el eledir. Anayasa, üniversiteleri, Atatürk milliyetçiliği düşüncesi içerisinde Anayasa'yı koruyan, kollayan gençler yetiştirmekle görevlendirmiştir. Anayasa'nın 42. maddesi çok açıktır. Türk Silahlı Kuvvetleri'nin (TSK) görevi de, içte ve dıştaki bütün düşmanlara karşı Anayasayı korumaktır. TSK ve üniversiteler birbiriyle kaynaşmıştır" diye konuştu. 19 Temmuz 2003'de Başbakanlık genelgesiyle, üniversitelere öğretim elemanı alımının durdurulmasını eleştiren Alemdaroğlu, genelgeyle üniversite eğitiminin ülke çapında sekteye uğratıldığını kaydetti. Alemdaroğlu, "Amaç üniversitelere baskı uygulamaktır. Hükümet, üniversitelere baskı uygulayarak, üniversiteleri mali kıskaç içine alarak hazırladığı YÖK taslağını geçirmeyi düşünüyorsa, çok büyük bir yanılgıdır. Türk üniversiteleri siyasi baskılara her zaman karşı çıktı ve karşı çıkmıştır" dedi. İkinci Kuvayı Milliye hareketi İstanbul Üniversitesi tarafından geçen hafta sonu düzenlenen Halkçılık Sempozyumu'nda da hükümet sert bir dille eleştirilmişti. Halkçılık ilkesinin kabulünün 83. yıldönümü dolayısıyla düzenlenen sempozyumun sonuç bildirgesinde, "Kuvayı Milliye Hareketi başlamıştır" denilmişti.